Maailman meriä kiertää myyttinen meren temppeli, jota ei voi nähdä ihmissilmin, mutta jonne harvinainen Manaphyksi kutsuttu Pokémon osaa löytää tiensä kuin vaistomaisesti. Kuuluisa merirosvo nimeltään Phantom on päässyt erään Manaphyn munan jäljille ja saa sen melkein käsiinsä, mutta hänen miehistöönsä soluttautunut Pokémon Ranger Jack Walker saa napattua sen itselleen ja tekeytyy yhdeksi vedenalaisesta Pokémon-esityksestään tunnettun Marinan seurueen jäsenistä pitääkseen sen turvassa.
Satoshi ystävineen kohtaa kuin sattumalta samaisen seurueen vaellettuaan jo tovin aivan eksyksissä. Heidän seuraansa lyöttäydyttyään he joutuvat kuitenkin osaksi Phantomin ja Jack Walkerin välienselvittelyä, ja sattumien seuratessa toisiaan muna kuoriutuu Harukan syleilyssä. Miten heille käy, kun vastasyntynyt Manaphy alkaa pitää häntä äitinään? Saavatko he lähetettyä tämän takaisin kotiinsa turvallisesti?